1968'de Samsun'da doğdu. Ondokuz Mayıs Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'nden mezun oldu (1990). 1991'de aynı fakülteye araştırma görevlisi olarak atandı. "Kilise Hukukunun Doğuşu ve Gelişimi" adlı teziyle yüksek lisansını 1993'te tamamladı. 1998'de "Modern Western Christian Theological Understandings of Muslims Since the Second Vatican Council" başlıklı teziyle doktorasını 1998'de Birmingham Üniversitesi'nde tamamladı. 1999 yılında Ondokuz Mayıs Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dinler Tarihi Anabilim Dalına yardımcı doçent olarak atandı. Halen bu görevini sürdürmekte olan Mahmut Aydın özellikle dinler ve kültürler arası diyalog, dini çoğulculuk, küresel ahlâk ve Modern Hıristiyanlık gibi konularla ilgilenmektedir.