1967'de Elazığ'da (Ağın) doğdu. İlk ve Orta öğrenimini İstanbul'da tamamladıktan sonra İ.Ü. Edebiyat Fakültesi Psikoloji Bölümünü bitirdi (1990). Mezuniyetinin ardından dil ile ilgili ve bilimsel çalışmalar yapmak üzere bir yıl Mısır'da kaldı (1991-1992). M.Ü. Sosyal Bilimler Enstitüsü Felsefe ve Din Bilimleri Ana Bilim Dalında “İbn Tufeyl'in Hayatı ve Felsefesi” başlıklı çalışmasıyla yüksek lisansını (1993); “Kindî, Fârâbî ve İbn Sînâ'da Akıl-Vahiy/Felsefe-Din İlişkisi” çalışmasıyla da doktorasını (1998) tamamladı. 1992-2000 yılları arasında T.D.V. İslâm Araştırmaları Merkezi'nde çalıştı. Bu süre içerisinde sahasıyla ilgili araştırmalar yapmak üzere bir yıl İngiltere'de bulundu (1995-1996). Hâlen İ.Ü. İlahiyat Fakültesi İslam Felsefesi Bilim Dalında öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Alper'in İslâm Felsefesinde Akıl/Vahiy-Felsefe/Din İlişkisi: Kindî, Fârâbî ve İbn Sînâ Örneği (İstanbul: Ayışığı Yayınları, 2000) başlığıyla bir kitabı, İslâm Felsefesinin Avrupa'ya Girişi (İstanbul: Ayışığı Kitapları, 2001) adıyla İngilizce'den yaptığı bir çevirisi ve birçok makalesi bulunmaktadır.