1966da İstanbulda doğdu. Marmara Üniversitesi İlahiyat Fakültesini bitirdi (1989). Alman dilindeki akademik Kuran çalışmaları üzerine hazırladığı yüksek lisans tezini 1992de, Osmanlıda II. Meşrutiyet Sonrası Modern Tefsir Anlayışı (Sırat-ı Müstakim/Sebilürreşad Dergisi Örneği: 1908-1914) başlıklı doktora tezini ise 2001de tamamladı. Ayrıca Almanyada şarkıyat ve tarih öğrenimi gördüğü Mainz Johannes Gutenberg Üniversitesinde hadis literatürü üzerine hazırladığı tezle yüksek lisans derecesi aldı (1999). Ahmed Muhiddin, Modern Türklükte Kültür Hareketi (inceleme ve tercüme, Küre Yayınları, İstanbul 2001) ve Sırat-ı Müstakim Mecmuası: Açıklamalı Fihrist ve Dizin (Klasik Yayınları, İstanbul 2008) adlı çalışmalarının yanı sıra Dergâh, İstanbul Araştırmaları, Dîvân İlmî Araştırmalar, Tarih ve Toplum, Toplumsal Tarih ve Klasikten çıkan Hilafet Risalelerinde yayınlanmış tercüme ve araştırmaları bulunmaktadır. Hâlen Klasik için Arap Gözüyle Osmanlı ve Hatıralarla Yakın Tarih başlıklı dizilerin editörlüğünü yürüten Mertoğlu, hâlen TDV İslam Araştırmaları Merkezinde araştırma uzmanı olarak görev yapmaktadır.